Ο βασικός στόχος της Μονάδας Σωματικής Αποτοξίνωσης (ΜΣΑ) αποτελεί η αντιμετώπιση των συμπτωμάτων του συνδρόμου στέρησης σε χρήστες οπιοειδών, η ψυχοκοινωνική υποστήριξη και κινητοποίηση, η προετοιμασία και παραπομπή σε κατάλληλο πρόγραμμα απεξάρτησης. Δεδομένου ότι οι ΜΣΑ παρέχουν υπηρεσίες διαμονής, θα έχουν τη δυνατότητα να πραγματοποιούν εισαγωγές και να παραπέμπουν σε προγράμματα θεραπείας απεξάρτησης σε όλη την επικράτεια.